クロフト邸でリワードをすべて入手しましたが、
”クロフト邸の秘密を解き明かせ”だったでしょうか、
ミッションの一番目のチェックが埋まりません。

これは何をすれば良いのでしょうか？

全リワード入手後、チェックポイント通過後にセーブすれば埋まってます。入手後即セーブだと埋まらず、やり直しも出来なくなります。