初めまして！
水中スクーターが見当たりません。どこにあるのでしょうか？

ご解決されてると思いますが、あやふやな記憶ながら一応レスしてみます。
どこまで進まれているのかですが、実験台クン達のボスに頼まれた「防腐剤」はご入手されてますか？。これをGETした後進んでいくと、ステージ開始時のボスの部屋に戻りますから、防腐剤を奉納すればドアが開きます。
ここに進入して落下すれば水中に落ち、そこで目の前に有ったと思います。